時間外や深夜(午後10時～午前5時)に労働させた場合には、2割5分以上、法定休日(1週間に1日もしくは4週間で4日の休日)に労働させた場合には、3割5部以上の割増賃金を支払わなければなりません。これは、たとえ時間外労働・休日労働に関する協定届の提出がなされていなくても支払いの義務があります。
　また、割増賃金の基礎となる賃金には、家族手当、通勤手当、別居手当、子女教育手当、住宅手当、臨時に支払われた賃金、1か月を超える期間ごとに支払われる賃金は算入しません。
　 なお、年俸制適用労働者に対しても、時間外、休日及び深夜に労働させた場合には、割増賃金を支払わなければなりません。ただし、労基法第41条第2号の管理監督者、機密事務取扱者については、労働時間の規制が除外されていますので、深夜業の場合を除き割増賃金の問題は生じません。また、裁量労働で労使協定によりみなし労働時間制を採用し、みなし労働時間が法定労働時間を超えていなければ、実際の労働時間には関係なく、みなし時間に応じた年俸が設定されていればよいこととなります。
　 賞与については、支給額があらかじめ確定しているものは賞与とはみなされません。年俸制で毎月支払い部分と賞与部分を合計してあらかじめ年俸額が確定している場合の賞与部分についても割増賃金の算定基礎に入れなければなりません。

(注）平成22年4月1日から（中小企業は令和5年4月1日から）

　(1)  1か月60時間を超える法定時間外労働に対しては、5割以上の率で計算した割増賃金を支払わなければなりません。　　　　

　(2)　(1)の引上げ分の割増賃金の代わりに有給の休暇を付与する制度（代替休暇）を設けることができます。